明初是回族人迁徙流动的高发期，从一些回族家谱、地方志、碑刻资料可以看出，许多回族将自己家族族源追溯到明朝从南京应天府迁此，究其缘由：
      一是随沐英、常遇春等回族大将西征，迁居全国各地；
      二是“靖难之役”许多回回人受牵连，从南京迁居外乡；
      三是一些回族因战乱、经商等原因迁徙到不同地区。说明明朝初年南京周围是回族人聚居区。
      辽宁《六箴堂张氏家谱》谱系之起始年为元至正二十一年（ 1361）。张氏“其先西陲”，元朝中后期于南京开一药铺，取名“六箴堂”，以买药为生，并有较为高超医术，二世祖张质曾任太医院待诏，次孙张续任太医院吏目，曾孙张增任医官院府学正科之职。据该家谱记载，“始祖之世家，金陵水西门外拴马桩人也，世贾药肆都市。”明“靖难之役”罹于燹，业遂中落。迄永乐改元二载，从移民诏，迁来直隶宁津东北乡曰长官镇，僦一缠服，田力穑。家谱记载张氏第十六世张登宦，曾经商北京，有儒家风无市侩之气，曾出资修建宣武门内清真寺。张氏另一支“亦由燕东移来”，但因“环境所迫而信奉已易，究属同源异流者也” 。
      甘肃临潭地方志记载，本地部分回族于明朝从应天府（南京）迁此居住。云南一些地方回族也称他们是明代随沐英征云南迁居此地，笔者10 多年前在云南新平县调研时，看到一个原先是回族，后来变为彝族的一通墓碑文字，称其祖籍为应天府马家庄籍。《腾冲马氏家谱》记载“先祖江南金陵人氏”，洪武时“奉上调随大营至腾居守”，大理白族地区回族记述他们来源时也说“先祖是江南应天府人，洪武时奉命南征来滇”。又云南寻甸《马氏族谱》记载：“始祖姓纳，南京应天府籍……至二世祖，于明弘治年始就寻甸而卜居焉，改姓马。” 云南腾冲明氏族谱记载，原籍南京应天府七溪县人氏，于洪武三年奉调南征，攻平缅甸后，驻守边疆。家谱记载明氏先祖明恭原为汉族，其原配杨氏病逝以后，央求媒人查访永昌回回刘指挥官之女，刘言教道各别不允，明氏改信教之后成婚，生三子，后代有回汉之分。